Ssaki są najlepiej rozpoznaną grupą fauny. „Wizytówką" puszczy jest żubr; jego wolne stado przekracza 300 sztuk. Występują tam też takie ssaki, jak: wilk, ryś, wydra, borsuk, nietoperze i gryzonie. Wśród nietoperzy na szczególną uwagę zasługuje zamieszkujący dziuple w starych drzewostanach borowiaczek Nyctalus leisleri, zaś wśród gryzoni - smużka Sicista betulina reprezentująca w faunie element borealny. Jedyne stanowisko w Polsce ma tu - również pochodząca ze strefy tajgi - maleńka ryjówka średnia Sorex caecutiens, występująca tu wraz z czterema innymi gatunkami z rodziny ryjówkowatych. Kiedyś prawdopodobnie występowały tarpan i tur.