Spośród roślin najliczniejszą grupą są rośliny naczyniowe, jest ich 1070 gatunków, z czego tylko 664 można uznać za naturalne składniki ekosystemów leśnych. Flora drzew liczy 26 gatunków w tym 21 liściastych i 5 szpilkowych. Występuje 19 gatunków paproci, 6 – widłaków, 7 – skrzypów, 54 – wątrobowców i ponad 200 gatunków mchów. Wiele mszaków i porostów przetrwało tylko w Puszczy Białowieskiej ponieważ są związane z martwym drewnem lub korą i pniami starych drzew.