Wigierski Park Narodowy położony jest na północnym skraju Puszczy Augustowskiej, największego zwartego kompleksu leśnego na Niżu Środkowoeuropejskim, który wraz z lasami na terytorium Litwy i Białorusi pokrywa obszar około 300 tysięcy hektarów. Geograficznie Park leży w granicach Pojezierza Litewskiego.